第三步是生成干酪根。在沉積時期，由于微生物的發酵活動，沉積的有機物中的蛋白質、多糖等會被降解，大部分有機物會聚合成不溶于有機溶劑的有機物——干酪根，這是一種腐殖組分。干酪根是沉積有機質的主體，約占總有機質的80%~90%。小部分會生成瀝青，瀝青是大家非常熟悉的，柏油路都是用瀝青鋪的。

最后一步就是干酪根在特定溫度下生成石油（包括天然氣）。在地下不超過60℃的部位，干酪根生成石油極少。超過60℃，石油大量生成。低溫超過120℃時，低分子甲烷氣（即天然氣）大量產生。這其中經歷了大量的催化裂化和熱裂化的化學反應。

這樣一步一步，經過幾百萬年，石油終于形成了。