現行的“一行三會”監管格局的最大特點是分業監管、垂直管理。這種跨行業的監管模式會造成監管職能的重復，導致監管陷入被動局面。以“股災”中這些跨市場、跨期現的交易為例，“救市”監管就分了五家機構，市場流動性由央行監管，融資融券資金及證券交易市場由證監會監管，場外配資由銀監會監管，險資入市由保監會負責，“救市”資金則是由財政部負責。但這些機構之間監管協調的機制并不完善，如果他們在關鍵時失去統一協調，而在政府干預時又發出不同聲音，不僅失卻監管效率，對金融穩定也會帶來很大的風險。
另外，隨著近年來我國金融業發展步伐加快，形成了多樣化的金融機構體系、復雜的產品結構體系、信息化的交易體系，不少體制內的銀行、保險、證券公司進行“跨界”綜合化經營的趨勢，加上體制外的新興金融業態，如互聯網金融以及一些民間的財富管理公司的迅速發展，都給“一行三會”的監管效率和安全性帶來了新的挑戰。
目前，對我國金融監管機構改革架構多傾向于兩種模式：一種是英國的金融監管模式，針對混業金融風險、系統性風險設立專門機構，即“超級監管者”，以加強監管機構之間的協調聯動。而另一種則是美國的金融監管模式，建立以央行為核心的綜合監管體系，逐步將銀行、證券和保險的監管職能重新收歸央行大框架下管理。從現實看，兩種模式各有千秋。
美聯儲作為唯一一家同時監管銀行、證券和保險行業的聯邦機構，理論依據在于：央行貨幣政策職能的發揮本身就需要監管職能的配合，強有力的金融監管可以保證金融統計數據和信息的真實準確，也能保證金融機構和體系的穩定運行，而央行貨幣政策的實施又有利于銀行監管，兼容式的監管有助擺脫行政干預，統一的監管結構也有利于銀行監管的國際交流。
而英國金融服務局作為英國統一的金融監管機構，將英格蘭銀行中的監管職能分離出來，轉由它綜合行使，使得央行制定和實施貨幣政策的職能進一步強化。這種分離式的監管模式可以適當調和央行兼任金融調控和金融監管中的矛盾和沖突，也有助于消除當“大而不能倒”銀行存在時，央行作為“最后貸款人”的道德風險。貨幣政策職能和金融監管職能的分離有助于取消對銀行提供的隱形擔保，促使銀行進行更多金融創新，可以提高監管效率，合理利用監管資源。
國際金融危機發生以來，主要經濟體都對其金融監管體制進行了重大改革，很多做法都值得研究和借鑒。伴隨著社會經濟的發展，提高金融機構運行、資源配置的效率以及保證金融市場的穩定，關鍵在于金融監管體制向正確的方向創新和變革。符合金融業發展和金融市場運行規律、更高層次的金融監管需求，需要兼顧效率與安全。這種金融監管需求伴隨著金融市場波動性和復雜性的增加而愈加迫切，也需要在辨證實踐中不斷成熟完善。